Podczas wojen o niepodległość Stirling wielokrotnie przechodził z rąk do rąk. Strategiczne znaczenie miejsca wiązało je z bitwą pod Stirling Bridge w 1297 roku oraz Bannockburn w 1314 roku. Obie rozegrały się w otaczającym krajobrazie, nie wewnątrz zamku. Zwycięstwo Roberta Bruce’a pod Bannockburn doprowadziło do kapitulacji warowni i zniszczenia części umocnień, aby nie służyły ponownie przeciwnikom. Późniejsze odbudowy sprawiają, że zachowane mury nie są prostą pamiątką jednego oblężenia czy jednej kampanii.
Nowe badania opisane w sierpniu 2026 roku rzucają światło na możliwy ślad średniowiecznej wojny oblężniczej. Szkielet oznaczony jako Skeleton 150, odkryty w zamkowej kaplicy w 1997 roku, miał ponad 160 złamań. Według relacji Live Science z wystąpienia konferencyjnego Jo Buckberry mikrotomografia komputerowa i skanowanie 3D pomogły rozpoznać obrażenia powstałe w czasie zbliżonym do chwili śmierci. Badacze uznają uderzenie szybko poruszającego się pocisku machiny oblężniczej, prawdopodobnie trebusza, za najbardziej prawdopodobne wyjaśnienie. Pozostaje to interpretacją obrażeń: nie ustalono ani śmierci podczas oblężenia w 1304 roku, ani trafienia pociskiem War Wolfa Edwarda I.
Najbardziej okazałe budynki królewskie należą do późniejszego dworu Stewartów. Jakub IV zamówił King’s Old Building, Wielką Salę i monumentalne przedbramie Forework. Ich skala nadawała przybyciu do zamku charakter demonstracji królewskiej władzy. Wielka Sala powstawała około czasu jego ślubu w 1503 roku. Jej dzisiejszy wygląd zawdzięcza również wiele współczesnej konserwacji, w tym odtworzonej konstrukcji dachowej. Nie każdy element oglądanego wnętrza przetrwał więc niezmieniony od średniowiecza, nawet gdy wiernie przywołuje dawną formę.
Pałac Jakuba V powstał później, pod koniec lat trzydziestych i na początku lat czterdziestych XVI wieku. Prace związane z sir Jamesem Hamiltonem z Finnart udokumentowano od 1538 roku, lecz zachowane rachunki nie dowodzą, że był jedynym projektantem. Rzeźbione fasady, dwa zespoły apartamentów królewskich oraz stopniowanie dostępu do prywatnych komnat wyrażały europejskie ambicje dworu. Król zmarł w 1542 roku; jego wdowa, Maria de Guise, nadal użytkowała pałac. Dzieje budynku wykraczają poza życie fundatora.
Marię Stuart koronowano w zamku Stirling w 1543 roku. Jej syn Jakub został tutaj ochrzczony w 1566 roku podczas uroczystości przygotowanych przez dwór; królowa nie udzielała mu osobiście sakramentu. Koronacja Jakuba VI w 1567 roku odbyła się natomiast w pobliskim kościele Holy Rude, nie w zamkowej kaplicy. Znaczną część dzieciństwa spędził w zamku. Obecna Chapel Royal wiąże się z kolejną ceremonią: zbudowano ją w 1594 roku na chrzest jego syna, księcia Henryka.
Unia koron w 1603 roku skierowała dwór ku Londynowi, choć późniejsi monarchowie nadal odwiedzali Stirling. W XVII i XVIII wieku coraz wyraźniejsza stawała się funkcja wojskowa. Królewskie sale dzielono na kwatery żołnierzy i magazyny, a podejście przekształcały umocnienia artyleryjskie. Długie użytkowanie przez armię zakończyło się w 1964 roku. Ten rozdział historii przedstawia muzeum pułku Argyll and Sutherland Highlanders w King’s Old Building, przypominając, że dzieje zamku nie kończą się na epoce królowej Marii.
Późniejsza konserwacja przywróciła czytelność pałacowych przestrzeni i bogactwo kolorów. Apartamenty otwarto ponownie w 2011 roku po badaniach inwentarzy, rachunków, zachowanych murów oraz porównywalnego wyposażenia. Dzisiejsza aranżacja jest uzasadnioną badaniami rekonstrukcją, nie wnętrzem nietkniętym od czasów Marii de Guise. Należy również odróżniać oryginalne rzeźbione Stirling Heads od malowanych kopii. Archeologia odsłoniła wcześniejsze budynki pod dziedzińcami i skrzydłami rezydencji. Zamek chroni wpis scheduled monument SM90291, a opiekę sprawuje HES. Poświęć czas zarówno wnętrzom, jak i murom: razem pokazują przemianę królewskiej siedziby w koszary i zabytek.