1308 brach Robert Bruce die Macht der Comyns im Norden. Die kurze Besucherinformation von HES schreibt ihm die Einnahme von Balvenie zu. Der ausführliche Statement of Significance lässt dagegen offen, ob die Burg absichtlich beschädigt wurde, und nennt eine anschließende Überlieferungslücke von etwa einem Jahrhundert. Einnahme, Beschädigung der Befestigungen und Eigentümerwechsel sind getrennte Fragen; die Quellenlücke belegt ihre genaue Abfolge nicht.
Für 1408 ist Balvenie unter den Besitzungen der Black Douglases belegt. Ihre Enteignung 1455 brachte einen weiteren Machtwechsel; anschließend gelangte das Anwesen an John Stewart, den späteren Earl of Atholl. Diese Veränderungen erklären die Abfolge der Familien, ohne jede beschädigte Mauer einer Schlacht zuordnen zu müssen. Politische Niederlage, rechtliche Einziehung und bauliche Zerstörung sind eigenständige Ereignisse und hinterlassen nicht zwangsläufig dieselben Belege.
Um die Mitte des 16. Jahrhunderts ergänzten John Stewart, der vierte Earl of Atholl, und seine Frau Elizabeth Gordon das Atholl Lodging. Der neue Flügel veränderte die ältere Umfriedung, statt die ganze Burg zu ersetzen. Sein runder Eckturm, heraldischer Schmuck und vorspringende Fensterelemente verkündeten gesellschaftlichen Rang und schufen zugleich Wohnraum. Das erhaltene zweiflügelige eiserne Eingangsgitter erinnert daran, dass auch ein komfortableres Haus seinen Zugang sorgfältig kontrollieren konnte.
Maria Stuart übernachtete während ihrer Reise in den Norden im September 1562 in Balvenie. HES verzeichnet zwei Nächte in der Burg, damals der Wohnsitz des vierten Earls of Atholl. Das ist eine dokumentierte königliche Verbindung, aber kein Grund, ohne weitere Belege ein bestimmtes erhaltenes Zimmer als Marias Schlafzimmer zu bezeichnen. Der Aufenthalt bindet einen provinziellen Wohnsitz in die Reisen und politischen Beziehungen des königlichen Hofes ein.
Balvenies Geschichte als Wohnsitz reichte über das 17. Jahrhundert hinaus. Nach Eigentümerwechseln war die letzte Wohnphase mit den Duffs verbunden. Im frühen 18. Jahrhundert ersetzte ein neues Balvenie House die alte Burg als Hauptwohnsitz. Regierungstruppen nutzten die Burg 1746 noch einmal kurz. Die Aufgabe als Familienheim bedeutete also nicht, dass sofort jede Tätigkeit am Ort endete.
Die Burg kam 1925 in staatliche Obhut und ist als Scheduled Monument SM90028 geschützt. Frühe Freilegungen störten archäologische Ablagerungen, beseitigten aber nicht jede Spur früherer Nutzung. Begrenzte Arbeiten 1990 entdeckten einen Ofen, der möglicherweise mit dem Brauen verbunden war, sowie Gruben, die älter als der benachbarte Flügel sind. Diese mögliche Funktion gehört zu den Hinweisen auf die tägliche Arbeit vor Ort; sie beweist keine mittelalterliche Whiskybrennerei.
Beginne draußen, wo Umfriedung und erhaltener Graben die Verteidigungsanordnung verständlicher machen. Vergleiche im Inneren das ältere Mauerwerk mit dem Atholl Lodging und den Spuren der Wohnflügel. Einige Bauten sind nur als Fundamente erhalten, und ihre vorgeschlagenen Funktionen bleiben Deutungen. Prüfe vor der Anreise den aktuellen Zugang und beachte Konservierungshinweise. Balvenies stärkste Geschichte ist die jahrhundertelange Anpassung einer übernommenen Festung, bei der Lücken in der schriftlichen Überlieferung ehrlich sichtbar bleiben, statt mit einer erfundenen Folge von Eroberungen gefüllt zu werden.